El 5 de junio la Corte de Apelaciones emitió su fallo. Por 13 votos contra 9 se aprobó el desafuero del Senador Pinochet.

Según consta en el voto de mayoría, "la solicitud de los querellantes atribuye participación criminal como autor inductor al mencionado senador vitalicio en los hechos que indican, referidos a los delitos de secuestros calificados...." "... y de asociación ilícita ".

La magistrada Raquel Camposano que participó del voto de minoría rechaza que pudieran haber existido dichos secuestros al afirmar: "Absolutamente nadie de los que participaron en la ocurrencia de los hechos sostiene o deja entrever que los supuestamente secuestrados fueron encerrados o privados de libertad en algún lugar ignorado hasta el momento ".
Más adelante agrega: "Tampoco es posible pretender que en la actualidad continúan secuestradas las personas, ya que no hay en autos antecedentes que permitan creer que los procesados están o han estado en situación de mantenerlos en dicha forma".
La Ministra Camposano se acogió a jubilación a los pocas horas de dictado el fallo. El Diario La Segunda la entrevistó el día 9 de Junio. En dicha entrevista, refiriéndose al desafuero del senador Pinochet, sostuvo: "Todo el mundo sabe que es un caso político, que en lugar de resolverlo los políticos, lo echan a los tribunales ¡Cómo siempre! ¡Si siempre los asuntos políticos los echan a los tribunales! Entonces después todos felices y a nosotros nos critican."
Luego agregó: "Lo único que sé yo es que el Poder Judicial sale perdiendo.Y acuérdese que existe la ley del péndulo. Entonces, en un tiempo más vamos a estar cuestionados por lo que resolvemos ahora, porque esa es una ley ineludible de la historia "

La Corte Suprema el día 8 de Agosto confirmó el fallo de la Corte de Apelaciones por 14 votos contra 6.
El Ministro de la Corte Suprema, José Benquis, que votó, junto con la mayoría, por el desafuero del senador Pinochet fue entrevistado por el Diario La Segunda el día 17 de agosto. En dicha entrevista sostuvo: "Para nosotros, y creo que represento la opinión de algunos ministros, el desafuero no hubiéramos querido que se planteara". Cuando el periodista le pregunta ¿por qué? él responde: "porque son temas políticos, son temas de trascendencia política." A continuación agrega: "No quiero hacer una crítica a nadie. Pero creo que los políticos debieran asumir su responsabilidad. Los temas políticos debieran resolverlos ellos. Pero para ellos resulta bastante cómodo entregarlos a los tribunales y a nosotros nos ponen en la vindicta". A pesar de esta clara posición el Ministro Benquis colaboró con su voto al desafuero del senador Pinochet.

Distinguidos abogados expertos en estas materias sostienen que algunos Ministros de la Corte Suprema, que dieron su voto por el desafuero del senador Pinochet, con los mismos argumentos rechazaron en 1999 el desafuero del diputado del PPD, Nelson Avila.

Qué puede ocurrir si se demuestra que los 19 "secuestrados" están muertos . Si ésto se comprobara, quién va a dar una explicación al senador Pinochet, al país y al mundo por haber realizado un proceso judicial, por decir lo menos, tan original.
El Poder Judicial tendrá que asumir su responsabilidad histórica al haber finiquitado de esta forma este proceso