A los pocos días de su arribo al país, luego de estar secuestrado ilegalmente en Londres, el Senador Pinochet debió enfrentar un proceso judicial en su contra por el cual el Ministro instructor de la causa, Juan Guzmán Tapia, solicitó a la Corte de Apelaciones de Santiago el desafuero del ex Presidente de la Republica.

Este Ministro lo acusa de ser cómplice o encubridor del secuestro de 19 personas, delito que se habría realizado en 1973. Como este delito no está cubierto por la Ley de Amnistía del año 1978 y el Ministro Guzmán Tapia estima que estas personas seguirían secuestradas o a lo menos estaban todavía en esa situación después de la dictación de la Ley de Amnistía, procedió a iniciar este proceso de desafuero. En este caso no se le dió ninguna importancia a que existieran certificados de defunción que constataban lo contrario a lo que sostiene el Ministro Guzmán y a las múltiples declaraciones tanto de los presuntos implicados como de los abogados izquierdistas contrarios al senador Pinochet que han denominado este caso como el de la "Caravana de la Muerte" y no como el de la "Caravana de los Secuestros".

La directiva del Partido Socialista había presentado el día 5 de Julio de 1999 una querella en contra del senador Pinochet. El día 16 de marzo de este año presentó una segunda querella y fue el propio presidente de esa colectividad, senador Ricardo Nuñez, el que acudió a la Corte para cumplir con el trámite correspondiente.

A continuación, el diputado del Partido Socialista, Jaime Naranjo, amenazó a los Ministros de la Corte de Apelaciones expresando: "Considero que los Ministros de la Corte de Apelaciones de Santiago, de aducir finalmente razones de salud en su fallo a fin de evitar desaforar a Pinochet, no sólo estarían interfiriendo en la acción de la justicia, sino además faltando gravemente a su deber de ejecutar y hacer cumplir las leyes, hecho que, como sabemos, constituye causal suficiente para proceder a una acusacion constitucional en su contra por notable abandono de sus deberes"

El ex Presidente Patricio Aylwin fue muy constante y activo en presionar a la Corte de Apelaciones. En extensa entrevista del Diario La Tercera el día 21 de mayo de este año sostuvo: "Si yo fuera juez, no tendría la menor duda en acoger el desafuero". Expresiones similares las repitió pocas horas antes que se pronunciara la Corte Suprema.

El Consejo de Defensa del Estado, con la activa participación de su Presidenta, Clara Szczaranski, se transformó en los hechos en un querellante más .

La Comisión por la Recuperación de la Verdad Histórica en declaración pública sostuvo: "El Consejo de Defensa del Estado es un órgano del Estado de Chile, cuyo fin preciso es defender el interés del Estado nacional. Sin embargo, después de haber guardado un largo silencio frente a la gravísima violación de la soberanía nacional realizada por España y por Inglaterra al procesar y detener al senador y ex Presidente Pinochet, sin que se le haya conocido acción alguna destinada a defender la soberanía de Chile, ahora interviene activamente tanto para intentar desaforarlo, como, además, para impugnar la validez de los exámenes médicos que revelan que no puede haber un debido proceso en las actuales condiciones de deterioro de su salud".
Veintidós Senadores en declaración pública fustigaron la actitud del Consejo de Defensa del Estado y le manifestaron que "la actitud que ha asumido y sus actuaciones judiciales resultan contradictorias con la posición oficial del Estado de Chile ".